Nouveau guide du Crédit d’Impôt Recherche

Chaque année, le Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Espace (MESRE) publie son « Guide CIR ». L’édition du guide CIR 2025, parue le 29 octobre 2025, s’inscrit dans la continuité des évolutions législatives tout en introduisant plusieurs changements de fond dans l’analyse et la documentation du Crédit d’impôt recherche (CIR).

Comme pour les précédentes éditions, ce guide n’a pas de valeur juridique : il ne peut être opposé à l’administration en cas de contrôle fiscal. Il constitue toutefois une référence de travail essentielle pour les entreprises et les experts impliqués dans la sécurisation du dispositif.

Deux points issus du Guide CIR 2025 nous semblent intéressants à détailler :

1. la clarification du périmètre des activités nécessaires éligibles
2. le renforcement des exigences documentaires et des procédures d’agrément

Guide CIR 2025 : des évolutions marquantes issues de la loi de finances 2025 :

Le MESRE vient rappeler certaines mesures et délais imposés par la loi de finances 2025 

• Le taux des frais de fonctionnement est abaissé de 43 % à 40 % à compter du 15 février 2025.
• Le statut de “jeune docteur” est supprimé à cette même date.
• Les frais liés aux brevets, COV et à la veille technologique sont désormais exclus du dispositif à compter du 15 février 2025.
• Le seuil d’éligibilité au statut JEI est relevé à 20 % d’effort de R&D (contre 15 % précédemment) pour les exercices clos après le 1er mars 2025.
• Le statut JEC voit sa fourchette d’effort portée à 5–20 % pour les exercices clos après le 1er mars 2025.
• Le CII est prorogé jusqu’au 31 décembre 2027, avec un taux porté à 60 % dans les DOM.
• Enfin, le CICo est désormais subordonné au régime cadre exempté n°SA.111723 (2024–2026).

Ces ajustements traduisent la volonté du ministère de simplifier et harmoniser les dispositifs d’aide à la R&D. En résumé :

Une interprétation plus stricte des activités « indispensables » : 

Le MESRE, dans ses ajustements récents, clarifie la notion d’« activités indispensables » en matière de CIR, en précisant quelles activités sont réellement nécessaires à la recherche. Cette clarification s’inscrit en complément de l’article 49 septies G du Code général des impôts, qui définit les techniciens de recherche comme des personnels travaillant étroitement avec les chercheurs pour assurer le soutien technique indispensable aux travaux de R&D expérimentale. Elle se distingue également des rappels de l’administration fiscale dans le BOFIP [1] , qui exclut du CIR le personnel de soutien dont les activités ne relèvent pas directement des tâches scientifiques et techniques et qui ne sont pas réalisées par du personnel qualifié pour la recherche.

Pour être qualifiée d’indispensable, selon la mise à jour effectuée par le MESRE, une activité doit réunir cumulativement l’ensemble des quatre conditions suivantes :

1. L’activité doit être réalisée dans le cadre d’une opération répondant aux critères de R&D.
2. L’objet de cette activité est en lien direct avec l’objet de la recherche menée dans le cadre de cette opération.
3. L’activité doit être réalisée par une personne ou une équipe qui présente des qualifications techniques pour comprendre et/ou mener celle-ci.
4. Le résultat de cette activité n’existe pas par ailleurs ou n’est pas accessible.

A titre d’exemples, peuvent être considérées comme des activités indispensables :

• La traduction de tests,
• La caractérisation de matériaux,
• La collecte de données d’intelligence artificielle,
• Le dosage protéique,
• L’analyse statistique.

Ces précisions permettent de mieux distinguer les activités indispensables des activités menées par le personnel de soutien. Ces dernières étant déjà couvertes par le forfait relatif aux dépenses de fonctionnement. Cette clarification vise à renforcer la sécurité juridique des entreprises dans la qualification des travaux éligibles au CIR.

Des attentes documentaires plus strictes

Les documents devront désormais faire apparaître de manière explicite les verrous technologiques dès le résumé scientifique. Les fiches descriptives devront être plus synthétiques mais mieux structurées, et une justification scientifique détaillée sera exigée pour les travaux confiés à des sous-traitants. Parallèlement à la justification des travaux externalisés, l’implication du personnel interne dans les opérations de R&D doit également être clairement documentée.

« Notre retour d’expérience montre de plus en plus une attention particulière portée sur l’implication de chacune des personnes valorisées dans les opérations de R&D. Les demandes portent sur les tâches scientifiques et techniques pour réalisées la levée de verrou. Il convient de ne pas négliger ce point qui peut être chronophage en cas de déclenchement de contrôle »

La plateforme CIROCO devient incontournable

Dans le guide CIR 2025, les demandes devront être transmises exclusivement via la plateforme CIROCO, opérationnelle depuis le 1er juillet 2025, remplaçant la procédure en ligne ou l’envoi sur clé USB. Le formulaire Cerfa n’est plus mentionné pour le cas général, l’accent est mis sur le modèle CIROCO. Pour les structures particulières (FCS, FRUP, Structure adossée, CRT, SRC), le Kbis (ou équivalent) est explicitement requis en plus des statuts. Le formalisme devient plus accru pour les prestataires d’essais cliniques, ils devront en outre fournir une description précise de leur rôle, ainsi que le contrat avec le promoteur et, le cas échéant, le Work Order du tiers intervenant.

A ces éléments s’ajoutent trois précisions supplémentaires issues du Guide CIR 2025 : 

1. Les sociétés de portage ne sont pas éligibles à l’agrément CIR.
2. Les experts individuels sont désormais intégrés comme sous-catégorie d’organismes privés.
3. En informatique, 4 types d’opérations sont désormais distingués :
   1. création ou amélioration d’algorithmes,
   2. formalisation et adaptation méthodologique,
   3. application innovante de concepts,
   4. expérimentations ou prototypes.

En conclusion, cette nouvelle édition du Guide CIR confirme un tournant vers plus de rigueur et de traçabilité. Entre clarification des activités éligibles, formalisation accrue et dématérialisation des démarches, les entreprises devront adapter leur organisation documentaire pour sécuriser leurs déclarations CIR dans un environnement réglementaire toujours plus exigeant.

[1] BOI-BIC-RICI-10-10-20-20 §140

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