Arrêts de travail : la durée des prescriptions désormais plafonnée

Jusqu’à présent, la durée d’un arrêt de travail pour maladie relevait de la seule appréciation du médecin prescripteur, sans plafond fixé par la réglementation. Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, publié au Journal officiel le 13 juin 2026, change cette donne : à compter du 1er septembre 2026, chaque prescription d’arrêt de travail sera encadrée par une durée maximale. Une évolution à intégrer dès maintenant dans le suivi de l’absentéisme.

Que prévoit le décret n° 2026-498 ?

Le décret est pris en application de l’article 81 de la loi n° 2025-1403 du 30 décembre 2025 de financement de la sécurité sociale pour 2026. Il insère, après l’article R. 162-1-7 du Code de la sécurité sociale, un nouvel article R. 162-1-7-1 qui fixe deux plafonds applicables aux arrêts de travail prescrits par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme :

• 31 jours maximum pour une première prescription ;
• 62 jours maximum pour une prolongation.

Ces plafonds s’appliquent dans le cadre des articles L. 162-4-1 et L. 162-4-4 du Code de la sécurité sociale, qui régissent les conditions de prise en charge des arrêts de travail par l’assurance maladie.

Un plafond par prescription, pas une durée totale d’arrêt

Ce plafonnement porte sur la durée de chaque prescription, et non sur la durée totale d’un arrêt de travail. Un salarié peut donc continuer à enchaîner plusieurs prolongations si son état de santé le justifie, chaque prolongation restant elle-même soumise au plafond de 62 jours.

Le décret prévoit également une possibilité de dérogation : le prescripteur peut dépasser ces plafonds lorsqu’il justifie, directement sur la prescription, de la nécessité d’une durée plus longue au regard de la situation du patient, en tenant compte, lorsqu’elles existent, des recommandations établies par la Haute Autorité de santé.

À partir de quand s’applique cette réforme ?

Les plafonds fixés par l’article R. 162-1-7-1 s’appliquent aux prescriptions et aux prolongations d’arrêt de travail établies à compter du 1er septembre 2026. Les arrêts prescrits avant cette date ne sont pas concernés. Le décret précise par ailleurs que ces plafonds ne sont pas applicables à Mayotte.

Quels sont les enjeux pour les services RH ?

Ce plafonnement modifie le cadre dans lequel s’inscrivent les arrêts de travail des salariés, avec plusieurs conséquences pratiques pour les fonctions RH et paie :

1. Une vigilance accrue sur les arrêts longs. Au-delà de 31 jours pour une première prescription ou de 62 jours pour une prolongation, toute poursuite de l’arrêt nécessite une prescription dérogatoire motivée par le médecin. Les services RH doivent être en mesure d’identifier ces situations dans le suivi des absences. En outre, s’il y a une multiplication des arrêts, il y a une multiplication du risque de blocage d’arrêts auprès des organismes, et donc plus de risque de problématiques concernant le versement des IJSS. 
2. Une nouvelle référence temporelle pour la gestion administrative. Les durées de 31 et 62 jours deviennent des repères à intégrer dans les outils de suivi des arrêts, en complément des délais déjà applicables en matière de  visite médicale et de maintien de salaire. À noter également qu’à compter du 01/01/2026, la durée d’indemnisation des arrêts AT n’est plus sur 3 années mais sur 4 années. La maladie n’a quant à elle pas de modification et reste sur la base des 3 années de versement d’IJSS. 
3. Une coexistence de régimes à anticiper. Seules les prescriptions et prolongations établies à compter du 1er septembre 2026 sont concernées. Les services RH doivent donc distinguer, pendant la phase de transition, les arrêts soumis à l’ancien cadre et ceux soumis aux nouveaux plafonds.

En résumé 

À compter du 1er septembre 2026, les arrêts de travail prescrits par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme seront plafonnés à 31 jours pour une première prescription et à 62 jours pour une prolongation, sauf dérogation motivée par le prescripteur. Cette réforme, issue du décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, ne modifie pas la possibilité de prolonger un arrêt aussi longtemps que l’état de santé du salarié le justifie : elle encadre la durée de chaque prescription, pas la durée totale de l’absence.

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