La gestion des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) constitue un enjeu important pour les employeurs publics, tant sur le plan administratif que financier. Avec la mise en place de la subrogation obligatoire pour les agents contractuels de la Fonction publique d’État, les ministères doivent adapter leurs processus de paie, leurs outils et leur organisation afin de sécuriser le versement et le recouvrement des IJSS.
Le report de la subrogation obligatoire au 1er janvier 2028
Initialement instaurée par le décret du 27 juin 2024 avec une entrée en vigueur prévue au 1er janvier 2025 pour les agents contractuels de l’État (couvrant la maladie, la maternité, la paternité, l’adoption, les accidents du travail et les maladies professionnelles), la subrogation obligatoire a fait l’objet de plusieurs reports successifs. Un décret du 27 février 2025 a d’abord décalé son application au 1er janvier 2027. Puis, lors du Comité Social et Administratif du 14 avril 2026, l’échéance a de nouveau été repoussée au 1er janvier 2028.
La raison majeure de ce report réside dans l’incapacité technique des ministères à adapter à temps leurs logiciels de paie et à interconnecter efficacement leurs systèmes d’information avec ceux de la Sécurité sociale.
Qu’est-ce que le principe de subrogation des IJSS ?
Définition et fonctionnement
La subrogation des Indemnités Journalières de Sécurité Sociale (IJSS) est le processus par lequel l’employeur perçoit directement, pour son propre compte, les indemnités journalières dues par l’Assurance Maladie à l’agent. Grâce à ce mécanisme, le collaborateur bénéficie d’un versement unique de la part de son employeur, englobant les IJSS ainsi que le maintien de salaire éventuel.
La conséquence est donc une diminution du montant des indemnités journalières versées par la Sécurité sociale pour les salariés concernés.
Cette baisse ne signifie toutefois pas nécessairement une baisse équivalente du revenu effectivement perçu par le salarié pendant son arrêt.
Conditions et démarches
Condition préalable : La subrogation ne peut être mise en place que si le salaire de l’agent est maintenu.
Initiative de la demande : La demande incombe exclusivement à l’employeur. Elle s’effectue soit lors de la déclaration de l’arrêt de travail via la DSN événementielle, soit par la saisie d’une attestation de salaire sur Net-Entreprises en complétant l’encadré dédié.
Gestion administrative : Bien que la subrogation comporte plus d’étapes de traitement administratif, elle offre une plus grande souplesse temporelle par rapport à la gestion sans subrogation.
Circuit de traitement
L’employeur effectue l’avance des IJSS et le maintien de salaire au collaborateur, puis sollicite le remboursement correspondant auprès de la CPAM. Les équipes de gestion analysent les retours, gèrent les écarts et régularisent la paie.
Les enjeux financiers et opérationnels pour les employeurs publics
La gestion de la subrogation représente un impact significatif sur l’organisation et la trésorerie :
- Charge de travail RH / Paie : La charge administrative est estimée à environ 1 ETP pour 500 k€ d’IJSS gérées par an.
- Trésorerie et taux de recouvrement : Les IJSS représentent en moyenne 350 € par collaborateur et par an. Cependant, 20 à 30 % des IJSS ne sont pas recouvrées, et près de 10 % sont passées en pertes en raison de la forclusion. À titre d’illustration, pour une collectivité de 300 contractuels en autogestion, les IJ non recouvrées atteignent 42 k€ sur 27 mois, dont 10 k€ définitivement perdues.
- Facteurs de variation des coûts : Le coût global dépend de la complexité des règles de maintien de salaire (comme les droits glissants), de la qualité du logiciel de paie, de la maîtrise des déclarations DSN pour éviter les rejets, et de la réactivité des équipes paie.
Les 5 clés pour réussir la gestion de la subrogation
Pour anticiper l’échéance de 2028 et éviter les pertes financières, cinq règles essentielles doivent être appliquées :
Ne pas considérer le remboursement CPAM comme automatique : Les anomalies ou blocages (pièces manquantes, erreurs de dates ou d’attestation) sont fréquents et nécessitent un suivi
Traiter les IJSS au fil de l’eau : Un traitement régulier dès le début de l’arrêt permet de rester dans la période d’optimum de recouvrement ; la pratique du précompte des IJ est également conseillée.
Mettre en place une organisation transversale : Instaurer une coordination fluide entre la Paie, la Comptabilité et les gestionnaires RH pour diagnostiquer et résoudre rapidement les anomalies.
Instaurer un rapprochement et un suivi automatisé : Effectuer des rapprochements réguliers entre les IJ paie et les versements CPAM, contacter la CPAM du domicile de l’agent en cas de blocage, et utiliser idéalement un outil de réconciliation automatique.
Communiquer régulièrement auprès des agents : Rappeler périodiquement (tous les 6 à 12 mois) l’obligation de transmettre les volets 1 et 2 à la CPAM et le volet 3 à l’employeur sous 48h, et vérifier la bonne affiliation de l’agent à sa CPAM lors de chaque embauche.
En anticipant dès aujourd’hui ces différents enjeux, les employeurs publics pourront mieux sécuriser leur trésorerie, réduire les IJSS non recouvrées et limiter la charge administrative associée à leur gestion. L’échéance de 2028 doit ainsi être envisagée comme un temps de préparation permettant de faire évoluer progressivement les pratiques et les outils, plutôt que comme une échéance à attendre.
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