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La suppression du dispositif Jeune Docteur – Crédit Impôt Recherche (JD-CIR), votée dans le cadre de la loi de finances pour février 2025, suscite une vague d’inquiétude au sein de l’écosystème français de l’innovation. Deux publications récentes – l’étude d’impact du collectif JDCIR (juillet 2025) et le rapport conjoint ANRT–Udice (mai 2025) – dressent un premier bilan sans appel : cette réforme fragilise directement l’emploi scientifique et l’investissement en R&D, notamment dans les PME, ETI et startups deeptech.
Des effets immédiats et profonds sur l’emploi des jeunes docteurs
L’étude du collectif JDCIR révèle une chute brutale des recrutements de jeunes docteurs dans le secteur privé :
- 82 % des entreprises anciennement bénéficiaires du JD-CIR déclarent avoir réduit leurs intentions d’embauche.
- Le nombre moyen de recrutements passe de 2,2 à 1 jeune docteur par structure.
- En projection nationale, cela représenterait plus de 3 000 postes non pourvus parmi les 2 534 entreprises concernées.
À cela s’ajoutent des effets directs sur les contrats en cours :
- 13 % des entreprises ont déjà rompu un contrat de jeune docteur depuis l’annonce de la réforme.
- 15 % envisagent de le faire dans les mois à venir.
- Ce sont environ 350 ruptures anticipées qui pourraient survenir d’ici fin 2025.
Startups et deeptech : premières victimes de la réforme
La suppression du dispositif JD-CIR frappe en premier lieu les entreprises les plus innovantes :
- 97 % des startups interrogées estiment que cette suppression nuit à leur compétitivité internationale.
- 68,3 % d’entre elles revoient à la baisse leurs perspectives de croissance, de levée de fonds ou de développement technologique.
Dans un contexte où l’innovation est un levier de souveraineté économique, ce recul est préoccupant.
Un désinvestissement massif en R&D
La réforme entraîne également une réduction directe des budgets de recherche et développement :
- 46 % des entreprises annoncent une baisse de leurs investissements R&D.
- 96,9 % estiment que la suppression du JD-CIR affecte négativement leurs projets d’innovation.
Ces chiffres témoignent d’un signal faible devenu fort : sans incitation, les entreprises peinent à maintenir un effort de R&D ambitieux.
Quelles solutions pour réengager les entreprises dans le recrutement scientifique ?
Face à ces constats alarmants, le rapport ANRT–Udice propose plusieurs mesures concrètes pour restaurer une dynamique de soutien à l’embauche des jeunes docteurs, tout en évitant les effets d’aubaine reprochés à l’ancien dispositif :
Une nouvelle incitation ciblée
- Prise en charge jusqu’à 80 % du salaire chargé pendant 24 mois.
- Réservée aux trois premiers recrutements de jeunes docteurs par entreprise.
- Objectif : accompagner les PME/ETI qui franchissent le cap du premier recrutement scientifique, en particulier celles encore peu acculturées à la R&D doctorale.
De nouveaux formats pour la recherche partenariale
Le rapport recommande également d’élargir les formes de collaboration entre recherche académique et entreprises :
- Thèses en alternance, avec une 4e année en entreprise axée sur la valorisation.
- Cifre en formation continue, pour les salariés en poste souhaitant évoluer vers un doctorat.
- Cifre « filières », impliquant deux entreprises (ex : donneur d’ordre + sous-traitant), afin de diffuser les compétences doctorales dans les chaînes de valeur industrielles.
Ce qu’il faut retenir de la suppression du dispositif Jeune Docteur :
La fin du JD-CIR n’est pas une simple mesure budgétaire : elle constitue un choc structurel pour la politique française d’innovation. En affaiblissant le lien entre recherche publique et monde économique, cette réforme risque de compromettre des années d’efforts pour bâtir une économie fondée sur la connaissance. Les acteurs du secteur plaident aujourd’hui pour une réintroduction encadrée du soutien fiscal à l’embauche de docteurs, en ciblant les entreprises les plus fragiles ou éloignées de la culture R&D.
Cette orientation pourrait figurer dans le projet de loi de finances 2026, si les signaux d’alerte sont entendus.
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