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Comme le CIR présente une composante fiscale et une composante scientifique et technique, son contrôle est logiquement bicéphale. Il peut être diligenté par l’administration fiscale ou le ministère de l’Enseignement supérieur de la Recherche et de l’Espace (MESRE). En revanche, l’administration fiscale demeure seule compétente pour l’application des procédures de rectification. Découvrez les 2 types de contrôle.
Le droit de reprise en matière de CIR s’exerce jusqu’à la fin de la 3e année qui suit celle du dépôt de la déclaration spéciale (n° 2069-A-SD) . Ainsi, si l’entreprise clôture son exercice au 31 décembre et qu’elle sollicite un crédit d’impôt au titre des dépenses de recherche exposées en 2025 :
- la déclaration de CIR sera en principe déposée en mai 2026 ;
- le délai de reprise de l’administration fiscale pourra alors s’exercer jusqu’au 31 décembre 2029.
Le contrôle du CIR par l’administration fiscale
L’administration fiscale peut vérifier la réalité de l’affection des dépenses valorisées dans le CIR dans le cadre :
- D’une vérification de comptabilité
- D’un contrôle sur pièces (contrôle de la déclaration 2069-A-SD)
Elle peut, si elle l’estime nécessaire, solliciter l’avis du MESRE toutes les fois où « l’appréciation du caractère scientifique des travaux apparaît nécessaire »
Le contrôle du CIR par le MESRE
Le MESRE est également en mesure de diligenter par lui-même le contrôle du CIR. Une fois le contrôle réalisé, il communiquera son rapport à l’Administration fiscale, seule habilitée à procéder à des rectifications fiscales.
En dehors de l’hypothèse dans laquelle l’agent chargé du contrôle adresse à l’entreprise une seconde demande d’informations complémentaires, cet agent n’est pas tenu d’engager avec l’entreprise contrôlée un débat oral et contradictoire.
La création du comité consultatif
Conscient des difficultés rencontrées par les entreprises déclarantes à l’occasion de la vérification de l’éligibilité technique et scientifique des projets valorisés dans leurs CIR, le législateur a mis en place, dans le cadre de la loi de finances pour 2016, un comité consultatif du crédit d’impôt pour dépenses de recherche.
Ce comité est présidé par un conseiller d’État. Il se compose d’un représentant de l’administration fiscale et d’un expert disposant des compétences techniques adaptées à la spécificité du CIR ou du CII et n’ayant pas encore eu à connaître le litige.
Son rôle principal est de résoudre tout désaccord persistant dans le cadre d’un contrôle fiscal entre les entreprises et l’administration fiscale relatif à l’éligibilité des travaux de R&D valorisés.
Un décret en date du 4 janvier 2021 est venu instaurer une obligation pour les contribuables de transmettre au service vérificateur, dans un délai de 60 jours à compter de la demande de saisine du comité, un document de synthèse des contestations devant être conforme au modèle établir par l’administration (article R.60-1 B du Livre des procédures fiscales). Le but est d’accélérer le traitement des dossiers par ce Comité.
La Médiation des entreprises
La Médiation des Entreprises est aujourd’hui très impliquée dans l’aide à l’innovation et à la recherche des entreprises.
Dans quel(s) cas saisir le Médiateur ?
Les principales situations propres au CIR dans lesquelles le contribuable peut s’adresser utilement à lui sont les suivantes :
- non-versement du CIR – CII ;
- absence de débat, au cours d’un contrôle du CIR, sur le fond technique des projets dont l’éligibilité est rejetée. Le Contribuable peut alors solliciter du Médiateur une : – expertise du MESRE ; – rencontre avec l’expert du MESRE qui a statué une première fois sur l’éligibilité des projets de recherche valorisés au CIR ; – contre-expertise du MESRE.
Notre cabinet de conseil en innovation est référencé comme expert en CIR-CII par la médiation des entreprises depuis 2016
Nous nous engageons à respecter 5 devoirs et 11 engagements vis-à-vis de nos prestations liées au CIR et au CII. Ce référencement distingue notre double expertise technique et fiscale et notre engagement dans une dynamique de relations durables et équilibrées avec nos clients.
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