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Ce qu’il faut savoir :
Principaux points à retenir :
- Les aides publiques (subventions, avances remboursables, PTZI…) doivent être déduites de l’assiette du CIR selon certaines conditions,
- Depuis la loi de finances pour 2025, la notion de subvention publique est précisée, et vise clairement les aides versées par les personnes morales de droit public et les aides versées par des personnes morales de droit privé chargées d’une mission de service public. BPI France est ainsi explicitement visée par la doctrine faisant état de cette mise à jour,
- Les subventions d’investissement nécessitent un retraitement spécifique pour éviter tout double avantage fiscal,
- Le cas particulier des thèses CIFRE mérite une attention particulière.
Subventions publiques et CIR : une combinaison gagnante… à manier avec précaution
Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) constitue un levier essentiel pour financer l’innovation. Il peut être cumulé avec d’autres aides publiques, notamment les subventions directes (subventions classiques, avances remboursables, PTZI…) à condition de respecter des règles strictes de déduction.
Une subvention obtenue sur un projet de R&D est souvent un indicateur fort de l’activité de recherche d’une entreprise.
Mais attention : elle a également un impact direct sur le montant de CIR auquel vous pouvez prétendre.
Qu’est-ce qu’une subvention publique au sens du CIR ?
La Loi de Finances pour 2025 est venue élargir la notion de « subvention publique » au sens du CIR :
Sont désormais considérées comme subventions à déduire, celles octroyées:
Par des personnes morales de droit public
Par des personnes morales de droit privé chargées d’une mission de service public
(à noter que cette précision s’applique aux dépenses exposées à compter du 15 février 2025)
Ma subvention est-elle à déduire du CIR ?
La règle est claire : toute subvention publique (remboursable ou non) liée à une opération éligible au CIR doit être déduite de l’assiette du crédit d’impôt (CGI art. 244 quater B-III).
Afin de déterminer si l’aide perçue doit être considérée comme une subvention déductible de mon assiette de dépenses CIR, trois éléments doivent être analysés conjointement :
La nature de l’aide : subvention ou prêt ?
L’objet de l’aide : couvre des dépenses relatives à une opération de R&D au sens du CIR ou bien finance d’autres activités ?
L’émetteur de l’aide : organisme public ou personne morale de droit privé chargée d’une mission de service public ?
Méthode de déduction : la stratégie Ayming
Chez Ayming, nous préconisons une approche proportionnelle et ciblée :
1. Limiter le montant de la subvention à déduire aux dépenses visant des opérations de R&D ouvrant droit au CIR
2. Identifier le montant à déduire par millésime de CIR à proportion des dépenses engagées sur l’année.
À éviter : appliquer une déduction totale d’une subvention dès lors que le projet contient des dépenses non éligibles (ex. : sous-traitance non agréée).
Attention, deux décisions récentes viennent à l’encontre de ce principe et ne sont pas conformes à la doctrine:
• la CAA de Lyon (21 septembre 2023, n°21LY03203),
• le TA de Marseille (6 novembre 2025, n°2300797)
Cas particulier : les aides liées aux thèses CIFRE
Les aides forfaitaires de l’ANRT (14k€/an pour un doctorant) posent des difficultés particulières, car elles sont :
• Non affectées à un projet
• Forfaitaires
• Liées à une personne et non à des dépenses précises
Ces aides sont à déduire de l’assiette CIR les années où le doctorant réalise des opérations de R&D dans l’entreprises.
Subventions d’investissement et CIR : une vigilance renforcée
Les subventions d’investissement sont attribuées pour l’acquisition ou la création d’immobilisations.
Méthode recommandée :
Identifier le taux de subvention en lien avec la dotation aux amortissements du matériel R&D financé afin de calculer la part de la subvention en lien avec des opérations de R&D ouvrant droit au CIR.
Objectif :
Eviter le double bénéfice fiscal (subvention + CIR sur l’amortissement).
En conclusion : votre checklist subventions & CIR
Avant toute déclaration CIR :
- Identifiez toutes les aides reçues (subventions, avances remboursables, PTZI, etc.),
- Vérifiez leur lien avec les opérations de R&D valorisées et les dépenses éligibles,
- Appliquez une méthode de déduction justifiée,
- Documentez chaque retraitement (montant, méthode, référence réglementaire),
- Rapprochez-vous de votre expert CIR ou de votre fiscaliste pour sécuriser la déclaration
Bonus : selon les cas, une demande de rescrit fiscal peut sécuriser votre position.
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