Crédit d’Impôt Recherche (CIR) : le Conseil d’État confirme la liberté de choix des PME quant aux modalités de remboursement de leur créance

Par une décision du 2 juin 2026 (Conseil d’État, n° 506731, Institut Coopératif du Vin), la Haute juridiction valide l’analyse retenue par la Cour administrative d’appel de Toulouse et confirme que le remboursement immédiat des créances de CIR prévu à l’article 199 ter B du Code général des impôts pour les PME constitue une faculté offerte aux entreprises, et non une obligation.

Une confirmation attendue pour les PME innovantes

Le régime du CIR prévoit, pour les PME au sens communautaire, la possibilité d’obtenir le remboursement immédiat de leur créance fiscale. Jusqu’à présent, une incertitude demeurait quant au caractère obligatoire ou optionnel de ce dispositif.

Le Conseil d’État tranche désormais clairement la question : les entreprises éligibles disposent d’une véritable liberté de choix dans la gestion de leur créance de CIR.

Elles peuvent ainsi :

• solliciter le remboursement immédiat de leur créance ;
• ou choisir de l’imputer sur leur impôt sur les sociétés pendant une période de trois ans, avant de demander le remboursement du solde résiduel dans les conditions de droit commun, soit au plus tard le 31 décembre de la deuxième année la date limite de dépôt du relevé de solde IS du dernier des trois exercices d’imputation.

Cette décision sécurise les stratégies fiscales et financières des PME engagées dans des activités de recherche et développement, en leur permettant d’adapter la gestion de leur créance à leur situation économique et à leurs besoins de trésorerie.

Une décision obtenue à l’issue d’une procédure de longue haleine

Accompagné tout au long de la procédure par Ayming, son partenaire historique en matière de financement de l’innovation, ainsi que par le cabinet Hoche Avocats et le cabinet Briard Bonichot et Associés, l’Institut Coopératif du Vin – PME au sens du règlement UE n° 651/2014,  a obtenu par la Haute assemblée la validation de sa demande de remboursement déposée en novembre 2020.

Cette demande concernait une créance de CIR générée au titre de dépenses de recherche et développement engagées en 2016, après une période durant laquelle cette créance n’avait pu être totalement imputée sur l’impôt dû. L’administration fiscale avait rejeté cette réclamation considérée comme tardive, estimant que la PME était tenue de demander le remboursement immédiat de sa créance et ne pouvait pas bénéficier du délai de droit commun de trois ans. Le tribunal administratif de Montpellier (n° 2103911) avait suivi l’administration, avant que la CAA de Toulouse ne réforme ce jugement en faveur de l’ICV (arrêt du 5 juin 2025, n° 23TL23337). En outre, le Conseil d’État a confirmé la Cour d’appel en validant la demande de remboursement présentée en 2020 par l’Institut Coopératif du Vin au titre d’une créance de CIR et de CII afférente à des dépenses engagées en 2016, et rejette le pourvoi du ministre.

En reconnaissant la validité de cette démarche, le Conseil d’État confirme qu’une PME ayant choisi de ne pas demander immédiatement le remboursement de sa créance conserve la possibilité d’effectuer une demande de remboursement dans le délai de droit commun.

Un impact concret pour les entreprises innovantes

Au-delà du cas de l’ICV, cette décision présente un intérêt significatif pour l’ensemble des PME au sens communautaire réalisant des dépenses de R&D.

Elle confirme que le dispositif de remboursement immédiat de l’article 199 ter B du Code général des impôts n’a pas pour effet de priver les entreprises de l’option d’appliquer le régime général de restitution des créances de CIR.

Cette clarification renforce la sécurité juridique des entreprises innovantes et leur offre davantage de souplesse dans la gestion de leurs créances fiscales, en fonction de leurs perspectives de développement, de leur rentabilité et de leurs besoins de financement.