Exécution budgétaire 2025 : la Cour des comptes confirme le poids croissant du CIR

Découvrez les principaux enseignements du rapport de la Cour des comptes sur l’exécution budgétaire 2025 : avec près de 90 % des dépenses fiscales de la mission « Recherche et enseignement supérieur », le crédit d’impôt recherche s’impose comme la première dépense fiscale de l’État. Mesures de rationalisation, efficacité du CIR, avenir du CICo et incertitudes autour du régime des JEI : autant de signaux clés à décrypter à l’approche du projet de loi de finances pour 2027.

Dans son analyse, la Cour des comptes porte une attention particulière aux dépenses fiscales rattachées à la MIRES, qui dépassent désormais 9 Md€ en 2025. Parmi elles, le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) demeure de très loin le principal dispositif de soutien à l’innovation, tandis que le Crédit d’Impôt en faveur de la recherche collaborative (CICo) et le régime des Jeunes Entreprises Innovantes (JEI) font l’objet d’analyses spécifiques concernant leur efficacité, leur coût budgétaire et leur pilotage.

Le 22 avril 2026, la Cour des comptes a publié son rapport annuel sur l’exécution et les résultats du budget de l’État en 2025. Parmi les notes d’analyse de l’exécution budgétaire, se trouve l’analyse de la Cour de l’exécution budgétaire 2025 de la mission « Recherche et enseignement supérieur » (MIRES). Si ce rapport s’inscrit dans le cadre plus large de l’examen des comptes publics, il comporte plusieurs enseignements importants pour les acteurs de la recherche et de l’innovation.

Le constat principal est sans ambiguïté : malgré les premières mesures de rationalisation adoptées en loi de finances pour 2025, le crédit d’impôt recherche (CIR) demeure la première dépense fiscale de l’État et continue de représenter le principal outil de soutien fiscal à la R&D des entreprises.

Une dépense fiscale toujours plus importante malgré les premières mesures de rationalisation

La Cour rappelle que les dépenses fiscales rattachées à la mission « Recherche et enseignement supérieur » dépassent désormais 9 Md€ en 2025.

À lui seul, le crédit d’impôt recherche représente 8,07 Md€ en 2025, soit 89,4 % du coût total des dépenses fiscales de la mission. Cette proportion était de 74,2 % en 2013.

La concentration croissante du soutien fiscal à la recherche autour du CIR est ainsi explicitement soulignée par la Cour, qui rappelle avoir déjà alerté sur cette dynamique dès 2013.

Cette progression ne résulte pas uniquement de l’évolution des dépenses de R&D déclarées par les entreprises. Elle s’explique également par les modalités particulières de consommation des créances de CIR, qui sont imputées ou remboursées selon une répartition étalée sur plusieurs exercices.

Ce mécanisme crée un effet d’inertie budgétaire important : même en cas de ralentissement des nouvelles créances, la dépense fiscale continue d’augmenter pendant plusieurs années : années : 53 % en N+1, 9 % en N+2, 4 % en N+3, 27 % en N+4, 7 % en N+5 et 1 % en N+6. Cette architecture génère un effet d’inertie important qui continue d’alimenter la dépense même lorsque les nouvelles créances ralentissent.

Dans le prolongement de la revue de dépenses de l’Inspection générale des finances publiée en mars 2024 et du rapport de la Cour des comptes sur les politiques industrielles publié en novembre 2024, la loi de finances pour 2025 a introduit plusieurs ajustements du CIR.

Plus précisément, l’article 55 de la loi de finances pour 2025 a introduit plusieurs mesures de rationalisation en :

• Excluant de l’assiette du CIR les frais liés aux brevets et certificats d’obtention végétale, les dotations aux amortissements en lien avec ces frais ainsi que les dépenses de veille technologique ;
• Abaissant le taux du forfait fixant les dépenses de fonctionnement de 43 % à 40 % ;
• Supprimant du dispositif « jeunes docteurs », qui permettait de retenir certaines dépenses de personnel pour le double de leur montant dans l’assiette du crédit d’impôt.

Selon les estimations gouvernementales, ces mesures devraient générer 440 M€ d’économies annuelles.

Toutefois, la Cour souligne que ces économies ne se traduiront pas immédiatement dans les dépenses budgétaires. Les mesures ne s’appliquant qu’aux créances générées à compter de 2025, leur impact sur les remboursements effectifs ne sera perceptible qu’à partir de 2026.

L’un des enseignements les plus significatifs du rapport réside probablement dans l’annonce de la conduite, par la Cour des comptes elle-même, d’une nouvelle évaluation du crédit d’impôt recherche.

Cette étude vise à actualiser les travaux précédemment réalisés sur le dispositif et intervient dans un contexte où les interrogations relatives à son efficacité économique, à son ciblage et à son coût budgétaire demeurent récurrentes.

Les conclusions de cette évaluation pourraient alimenter les réflexions gouvernementales et parlementaires dans le cadre du projet de loi de finances pour 2027.

À cet égard, la publication du rapport s’inscrit dans une dynamique plus large de réexamen des aides publiques à l’innovation, déjà illustrée par les débats ayant entouré la réforme du CIR en 2025 et les travaux récents consacrés aux politiques industrielles.

Cette réflexion s’inscrit d’ailleurs dans un contexte plus large de remise en question du coût et de l’efficacité du dispositif.

• Dans son rapport sur le projet de loi relative aux résultats de la gestion et portant approbation des comptes de l’année 2025, la rapporteure spéciale Christine Pirès Beaune souligne que le CIR demeure la dépense fiscale la plus coûteuse de l’État, malgré des restitutions inférieures aux prévisions en 2025. Considérant que son effet sur les dépenses privées de R&D demeure « mitigé », elle invite le Gouvernement et le Parlement à engager une réforme du dispositif afin d’en réduire le coût.

Le rapport revient également sur le crédit d’impôt en faveur de la recherche collaborative (CICo), instauré par la loi de finances pour 2022.

Le CICo, instauré pour compenser la suppression du mécanisme de doublement de l’assiette du CIR applicable aux dépenses de sous-traitance publique de R&D, vise à encourager les partenariats de recherche entre les entreprises et les organismes de recherche et de diffusion des connaissances (ORDC).

Ce dispositif ouvre droit à un crédit d’impôt égal à 50 % des dépenses éligibles pour les PME et à 40 % pour les entreprises de taille intermédiaire et les grandes entreprises, dans la limite de 6 M€ de dépenses déclarées.

Malgré cette ambition, le CICo demeure peu mobilisé. Son coût est estimé à seulement 13 M€ en 2025, pour 308 entreprises bénéficiaires, très loin des 255 M€ correspondant au coût du mécanisme de doublement de l’assiette du CIR qu’il a vocation à remplacer.

La Cour identifie plusieurs facteurs explicatifs, parmi lesquels le ralentissement du nombre de nouveaux contrats de collaboration, mais également les arbitrages opérés par les entreprises entre le CICo et le CIR.

Le rapport consacre enfin plusieurs développements au régime des  jeunes entreprises innovantes (JEI) et des jeunes entreprises de croissance (JEC).

La Cour relève d’abord une anomalie budgétaire significative : les crédits destinés à compenser les exonérations de cotisations sociales n’ont pas été inscrits en loi de finances pour 2025.

Cette situation a conduit à l’absence de versement à l’URSSAF au cours de l’exercice et à la constitution d’une dette de l’État estimée à au moins 200 M€, après prise en compte d’une créance préexistante de 8,5 M€. Si la loi de finances pour 2026 prévoit les crédits nécessaires pour les exonérations constatées en 2026, le règlement de la dette constituée en 2025 reste à ce jour non résolu.

Parallèlement, les conditions d’accès au dispositif ont été durcies avec :

• La précision des critères applicables aux JEC par le décret n° 2024-464 du 24 mai 2024 ;
• Le relèvement du seuil minimal de dépenses de R&D de 15 % à 20 % pour bénéficier du statut de JEI, acté par l’article 22 de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2025.

Dans ce contexte, le coût des exonérations sociales JEI/JEC est estimé à 261 M€ en 2025.